online documentation

User Tools

Site Tools

Trace:
api

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revisionPrevious revision
Next revision		Previous revision
Next revisionBoth sides next revision
api [2020/08/03 18:00] – [Substructure search] flackapi [2021/09/14 21:32] – flack
Line 345: Line 345:
 http 'https://mcule.com/api/v1/compound/MCULE-9380369173/prices/?amounts=15,20' "Authorization: Token <your_token>" --print HBhb http 'https://mcule.com/api/v1/compound/MCULE-9380369173/prices/?amounts=15,20' "Authorization: Token <your_token>" --print HBhb
 </code> </code>
 +
 +
 +===== Compound list details =====
 +
 +With this endpoint you can get compound details information for multiple compound mcule IDs in a single API call.
 +
 +== Endpoint: ==
 +<code>/compounds/</code>
 +
 +== Basic API request: ==
 +<code>
 +echo '{"mcule_ids": ["MCULE-7655747555","MCULE-5912414227"]}' | http https://mcule.com/api/v1/compounds/ "Authorization: Token <your_token>" --print HBhb
 +</code>
 +
 +
 +== Example API request: ==
 +<code>
 +echo '{"mcule_ids": ["MCULE-7655747555","MCULE-5912414227","MCULE-2570263241"], "price_amounts": [1,5,10], "components": true, "availability": true}' | http https://mcule.com/api/v1/compounds/ "Authorization: Token <your_token>" --print HBhb
 +</code>
 +
 +== Request: ==
 +<code>
 +POST /api/v1/compounds/ HTTP/1.1
 +Authorization: Token <your_token>
 +Content-Type: application/json
 +
 +{
 +    "availability": true,
 +    "components": true,
 +    "mcule_ids": [
 +        "MCULE-7655747555",
 +        "MCULE-5912414227",
 +        "MCULE-2570263241"
 +    ],
 +    "price_amounts": [
 +        1,
 +        5,
 +        10
 +    ]
 +}
 +</code>
 +
 +== Response: ==
 +<code>
 +HTTP/1.1 200 OK
 +Content-Type: application/json
 +
 +{
 +    "count": 3,
 +    "results": [
 +        {
 +            "mcule_id": "MCULE-7655747555",
 +            "smiles": "C1C=C(F)C=C(C2=NC=C(C#N)C=N2)C=1",
 +            "inchi_key": "ZXSZUCRVSWGKCX-UHFFFAOYSA-N",
 +            "best_prices": [],
 +            "mol": "\n  mcule   14092123302D\n\n 15 16  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n    8.1579    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    6.7983    0.7849    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    6.7983    2.3549    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    8.1579    3.1400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    9.5175    2.3549    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    9.5175    0.7849    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n   10.8773    3.1400    0.0000 F   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    5.4386    3.1400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.0789    2.3549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    2.7192    3.1400    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    2.7192    4.7100    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.0789    5.4950    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    5.4386    4.7100    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    1.3597    5.4950    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    0.0000    6.2800    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n  1  2  2  0  0  0  0\n  2  3  1  0  0  0  0\n  3  4  2  0  0  0  0\n  4  5  1  0  0  0  0\n  5  6  2  0  0  0  0\n  6  1  1  0  0  0  0\n  5  7  1  0  0  0  0\n  3  8  1  0  0  0  0\n  8  9  1  0  0  0  0\n  9 10  2  0  0  0  0\n 10 11  1  0  0  0  0\n 11 12  2  0  0  0  0\n 12 13  1  0  0  0  0\n 13  8  2  0  0  0  0\n 11 14  1  0  0  0  0\n 14 15  3  0  0  0  0\nM  END",
 +            "availability": {
 +                "confirmed_amount": null,
 +                "availability_type": "in stock",
 +                "confirmed_amount_unit": "mg"
 +            },
 +            "std_inchi": "InChI=1S/C11H6FN3/c12-10-3-1-2-9(4-10)11-14-6-8(5-13)7-15-11/h1-4,6-7H",
 +            "url": "https://mcule.com/MCULE-7655747555/",
 +            "properties": {
 +                "rotatable_bonds": 1,
 +                "h_bond_donors": 0,
 +                "logp": 2.15438,
 +                "r3_violations": 0,
 +                "ct_bonds": 0,
 +                "undef_stereocenters": 0,
 +                "stereocenters": 0,
 +                "rings": 2,
 +                "heavy_atoms": 15,
 +                "r5_violations": 0,
 +                "heteroatoms": 4,
 +                "hydrogens": 6,
 +                "unknown_ct_bonds": 0,
 +                "non_organic_atoms": 0,
 +                "psa": 49.57,
 +                "known_stereocenters": 0,
 +                "atoms": 21,
 +                "unknown_stereocenters": 0,
 +                "halogen_atoms": 1,
 +                "known_ct_bonds": 0,
 +                "h_bond_acceptors": 3,
 +                "refractivity": 52.141,
 +                "mol_mass": 199.183,
 +                "o_and_n_atoms": 3,
 +                "undef_ct_bonds": 0,
 +                "components": 1
 +            },
 +            "stereo_type": "none",
 +            "components": [],
 +            "formula": "C11H6FN3"
 +        },
 +        {
 +            "mcule_id": "MCULE-5912414227",
 +            "smiles": "CN1C(C2N(C(C3N=CC=C(C4CC4)C=3)=O)CCCCC2)=CC=C1",
 +            "inchi_key": "LIJVUQWKZXRMJJ-UHFFFAOYSA-N",
 +            "best_prices": [
 +                {
 +                    "currency": "USD",
 +                    "amount": 1,
 +                    "purity": 90,
 +                    "delivery_time_working_days": 30,
 +                    "price": 310,
 +                    "unit": "mg"
 +                },
 +                {
 +                    "currency": "USD",
 +                    "amount": 5,
 +                    "purity": 90,
 +                    "delivery_time_working_days": 30,
 +                    "price": 330,
 +                    "unit": "mg"
 +                },
 +                {
 +                    "currency": "USD",
 +                    "amount": 10,
 +                    "purity": 90,
 +                    "delivery_time_working_days": 30,
 +                    "price": 355,
 +                    "unit": "mg"
 +                }
 +            ],
 +            "mol": "\n  mcule   14092123302D\n\n 24 27  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n    8.4758    5.5126    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    7.6618    5.6478    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    7.2928    6.3856    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    6.4771    6.2627    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    6.3419    5.4488    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    7.0742    5.0687    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    7.1972    4.2529    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    7.9855    4.0098    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    8.2869    3.2418    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    7.8744    2.5274    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    7.0585    2.4043    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    6.4539    2.9656    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    6.5154    3.7883    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    5.8010    4.2008    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    5.8010    5.0258    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    5.0866    3.7883    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    5.0866    2.9632    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.3721    2.5507    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.6576    2.9632    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.6576    3.7883    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.3721    4.2008    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.3721    1.7257    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.7845    1.0113    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.9596    1.0113    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n  1  2  1  0  0  0  0\n  2  3  1  0  0  0  0\n  3  4  2  0  0  0  0\n  4  5  1  0  0  0  0\n  5  6  2  0  0  0  0\n  2  6  1  0  0  0  0\n  6  7  1  0  0  0  0\n  7  8  1  0  0  0  0\n  8  9  1  0  0  0  0\n  9 10  1  0  0  0  0\n 10 11  1  0  0  0  0\n 11 12  1  0  0  0  0\n 12 13  1  0  0  0  0\n  7 13  1  0  0  0  0\n 13 14  1  0  0  0  0\n 14 15  2  0  0  0  0\n 14 16  1  0  0  0  0\n 16 17  2  0  0  0  0\n 17 18  1  0  0  0  0\n 18 19  2  0  0  0  0\n 19 20  1  0  0  0  0\n 20 21  2  0  0  0  0\n 16 21  1  0  0  0  0\n 18 22  1  0  0  0  0\n 22 23  1  0  0  0  0\n 23 24  1  0  0  0  0\n 22 24  1  0  0  0  0\nM  END",
 +            "availability": {
 +                "confirmed_amount": null,
 +                "availability_type": "potentially purchasable",
 +                "confirmed_amount_unit": "mg"
 +            },
 +            "std_inchi": "InChI=1S/C20H25N3O/c1-22-12-5-7-18(22)19-6-3-2-4-13-23(19)20(24)17-14-16(10-11-21-17)15-8-9-15/h5,7,10-12,14-15,19H,2-4,6,8-9,13H2,1H3",
 +            "url": "https://mcule.com/MCULE-5912414227/",
 +            "properties": {
 +                "rotatable_bonds": 4,
 +                "h_bond_donors": 0,
 +                "logp": 3.9929,
 +                "r3_violations": 4,
 +                "ct_bonds": 0,
 +                "undef_stereocenters": 1,
 +                "stereocenters": 1,
 +                "rings": 4,
 +                "heavy_atoms": 24,
 +                "r5_violations": 0,
 +                "heteroatoms": 4,
 +                "hydrogens": 25,
 +                "unknown_ct_bonds": 0,
 +                "non_organic_atoms": 0,
 +                "psa": 38.13,
 +                "known_stereocenters": 0,
 +                "atoms": 49,
 +                "unknown_stereocenters": 0,
 +                "halogen_atoms": 0,
 +                "known_ct_bonds": 0,
 +                "h_bond_acceptors": 4,
 +                "refractivity": 99.3685,
 +                "mol_mass": 323.431,
 +                "o_and_n_atoms": 4,
 +                "undef_ct_bonds": 0,
 +                "components": 1
 +            },
 +            "stereo_type": "absolute",
 +            "components": [],
 +            "formula": "C20H25N3O"
 +        },
 +        {
 +            "mcule_id": "MCULE-2570263241",
 +            "smiles": "CN1C(C2N(C(C3=C4C(NN=C4)=NC=C3)=O)CCCCC2)=CC=C1",
 +            "inchi_key": "MIRPCBGHLNQNNH-UHFFFAOYSA-N",
 +            "best_prices": [
 +                {
 +                    "currency": "USD",
 +                    "amount": 1,
 +                    "purity": 90,
 +                    "delivery_time_working_days": 30,
 +                    "price": 310,
 +                    "unit": "mg"
 +                },
 +                {
 +                    "currency": "USD",
 +                    "amount": 5,
 +                    "purity": 90,
 +                    "delivery_time_working_days": 30,
 +                    "price": 330,
 +                    "unit": "mg"
 +                },
 +                {
 +                    "currency": "USD",
 +                    "amount": 10,
 +                    "purity": 90,
 +                    "delivery_time_working_days": 30,
 +                    "price": 355,
 +                    "unit": "mg"
 +                }
 +            ],
 +            "mol": "\n  mcule   14092123302D\n\n 24 27  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000\n    3.0777    5.0348    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.6016    4.3976    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.4252    4.4469    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.7266    3.6789    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    4.0893    3.1549    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.3941    3.5991    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    2.6261    3.2977    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    2.0213    3.8587    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    1.2056    3.7359    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    0.7931    3.0214    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    1.0945    2.2533    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    1.8828    2.0103    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    2.5645    2.4749    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.2789    2.0625    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.9934    2.4749    0.0000 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.2789    1.2374    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.9934    0.8250    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.9934   -0.0001    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    3.2789   -0.4125    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    2.5645   -0.0001    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    1.7798   -0.2549    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    1.2949    0.4125    0.0000 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    1.7798    1.0798    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n    2.5645    0.8250    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0\n  1  2  1  0  0  0  0\n  2  3  1  0  0  0  0\n  3  4  2  0  0  0  0\n  4  5  1  0  0  0  0\n  5  6  2  0  0  0  0\n  2  6  1  0  0  0  0\n  6  7  1  0  0  0  0\n  7  8  1  0  0  0  0\n  8  9  1  0  0  0  0\n  9 10  1  0  0  0  0\n 10 11  1  0  0  0  0\n 11 12  1  0  0  0  0\n 12 13  1  0  0  0  0\n  7 13  1  0  0  0  0\n 13 14  1  0  0  0  0\n 14 15  2  0  0  0  0\n 14 16  1  0  0  0  0\n 16 17  1  0  0  0  0\n 17 18  2  0  0  0  0\n 18 19  1  0  0  0  0\n 19 20  2  0  0  0  0\n 20 21  1  0  0  0  0\n 21 22  1  0  0  0  0\n 22 23  2  0  0  0  0\n 23 24  1  0  0  0  0\n 16 24  2  0  0  0  0\n 20 24  1  0  0  0  0\nM  END",
 +            "availability": {
 +                "confirmed_amount": null,
 +                "availability_type": "potentially purchasable",
 +                "confirmed_amount_unit": "mg"
 +            },
 +            "std_inchi": "InChI=1S/C18H21N5O/c1-22-10-5-7-15(22)16-6-3-2-4-11-23(16)18(24)13-8-9-19-17-14(13)12-20-21-17/h5,7-10,12,16H,2-4,6,11H2,1H3,(H,19,20,21)",
 +            "url": "https://mcule.com/MCULE-2570263241/",
 +            "properties": {
 +                "rotatable_bonds": 3,
 +                "h_bond_donors": 1,
 +                "logp": 2.9918,
 +                "r3_violations": 3,
 +                "ct_bonds": 0,
 +                "undef_stereocenters": 1,
 +                "stereocenters": 1,
 +                "rings": 4,
 +                "heavy_atoms": 24,
 +                "r5_violations": 0,
 +                "heteroatoms": 6,
 +                "hydrogens": 21,
 +                "unknown_ct_bonds": 0,
 +                "non_organic_atoms": 0,
 +                "psa": 66.81,
 +                "known_stereocenters": 0,
 +                "atoms": 45,
 +                "unknown_stereocenters": 0,
 +                "halogen_atoms": 0,
 +                "known_ct_bonds": 0,
 +                "h_bond_acceptors": 6,
 +                "refractivity": 96.5542,
 +                "mol_mass": 323.392,
 +                "o_and_n_atoms": 6,
 +                "undef_ct_bonds": 0,
 +                "components": 1
 +            },
 +            "stereo_type": "absolute",
 +            "components": [],
 +            "formula": "C18H21N5O"
 +        }
 +    ]
 +}
 +</code>
 +
 +Fields:
 +  * **mcule_ids**: Required. List of mcule IDs. Only compound level mcule IDs are accepted, e.g.: MCULE-7655747555. Mcule IDs that represent other structure levels (e.g. MCULE-7655747555-0, MCULE-7655747555-0-0, P-611592727) are not accepted.
 +  * **availability**: Optional. Default: false. Whether to return availability information in the response. If you don't need this information you can set it to false (or just leave it out from the request) in order to get a quicker response. Collecting this information can take some time. 
 +  * **components**: Optional. Default: true. Whether to return components information in the response in case the compound has multiple components. If you don't need this information you can set it to false in order to get a slightly quicker response. 
 +  * **price_amounts**: Optional. Default: None. List of amounts (in mg) to return best prices for. Please note that collecting pricing information is an expensive operation.
 +
 +Limits:
 +  * **mcule_ids**: The size of this list is limited to 500. If you specify the *price_amounts* field the limit is reduced to 100 since collecting pricing information is an expensive operation.
 +  * **price_amounts**: The size of this list is limited to 5. 
 +
  
  
 ===== Multiple queries exact search ===== ===== Multiple queries exact search =====
 Multiple queries exact search currently accepts the following input identifiers: mcule ID, SMILES, InChI or InChIKey identifiers. Multiple queries exact search currently accepts the following input identifiers: mcule ID, SMILES, InChI or InChIKey identifiers.
 +The maximum number of queries you can send to this endpoint is 1000 currently.
  
 == Endpoint: == == Endpoint: ==
Line 809: Line 1059:
   * **target_volume**: The target volume (in ml), in case of solution based amount.   * **target_volume**: The target volume (in ml), in case of solution based amount.
   * **target_cc**: Target concentration (mM), in case of solution based amount.   * **target_cc**: Target concentration (mM), in case of solution based amount.
-  * **extra_amount**: In case of solution based amount calculation extra amount (in mg) can be specified here.+  * **extra_amount**: In case of solution based amount calculation the preferred extra amount (in mg) can be specified here. 
 +  * **min_extra_amount**: In case of solution based amount calculation the acceptable minimum extra amount (in mg) can be specified here.
   * **customer_email**: The customer's email address. By default it will be filled with the email address associated with the user making the API request.   * **customer_email**: The customer's email address. By default it will be filled with the email address associated with the user making the API request.
   * **delivery_time**: Delivery time limit (working days). Door-to-door delivery time. Only offer molecules that are available within the specified number of working days. You can specify null if delivery time is not critical. (default: 21)   * **delivery_time**: Delivery time limit (working days). Door-to-door delivery time. Only offer molecules that are available within the specified number of working days. You can specify null if delivery time is not critical. (default: 21)
api.txt · Last modified: 2023/06/03 07:19 by flack